对于婴儿先天性心脏病引起的原因，即确切的原因，目前不是太清楚，但根据目前研究来发现有3个因素引起来。具体如下：

一、外部环境因素：

​包括物理、化学、生物等各种因素。

1、物理：比如最常见的X线接触，即放射线的接触，从而引起先天性心脏病的发生；

2、化学：如药物，在服用部分药物后，可能会导致婴儿先天性心脏病的发生；

3、生物：如感冒、感染，即病毒感染与先天性心脏病的发生密切相关，如风疹可以出现先天性风疹综合征，从而会出现肺动脉狭窄等先天性心脏病。

二、内在因素：

还有部分先天性心脏病是由于遗传背景、基因突变、染色体异常所引起来的，即与内在因素有关，如有部分染色体疾病。先天性心脏病发生的原因是由于染色体疾病所导致的，比如常见的21-三体，又称为先天愚型，其容易合并室缺、房缺、心内膜垫缺损等。还有是18-三体，其容易合并房缺等。这些都是由于内在的基因突变、染色体异常所引起的先天性心脏病。

三、环境和内在因素的相互作用：

多数婴儿即80%、90%的婴儿可能找不出来明确的基因突变或染色体异常，也找不到接触过的感冒、病毒、细菌和药物。对于这种情况，通常都认为是由于环境和内在的因素相互作用的结果，即婴儿可能本身有基因缺陷，又受到外部的化学、物理、生物等因素的刺激，从而导致先天性心脏病发生，这是目前先天性心脏病的主要病因。

对于先天性心脏病，具体的每种病因现在并不是太清楚，至于具体到某个人患先天性心脏病的原因是比较复杂的，但多数都是内因和外因相互作用的结果。