盐酸小檗碱主要用于胃肠道感染，盐酸小檗碱并没有严格规定是饭前吃，还是饭后吃。如果患者可以耐受，饭前吃或饭后吃均可。有些患者在饭前服用，可能会出现胃肠道反应，比如恶心、呕吐、食欲减退，以及其他胃肠道不耐受反应，此时建议患者饭后服用，可以在一定程度上减少药物对胃肠道的刺激。
盐酸小檗碱属于生物碱类药物，具有抗菌的功效，虽然对病原菌的抗菌作用比较微弱，但是相对而言，对肠道感染的病原菌具有比较好的抗菌活性。因此在临床上，盐酸小檗碱主要用于急性胃肠炎等胃肠道感染性疾病。注意此药在妊娠前三个月不推荐使用。除此之外，盐酸小檗碱与含有鞣质的中药同时使用，有可能会影响药物的吸收，因此也不建议同时服用。
