卵巢囊肿大小和肿瘤良恶性没有相关性，卵巢囊肿超过5cm，临床医生需要做探查手术。如果患者绝经后出现卵巢囊肿，无论大小，都建议做手术探查。卵巢囊肿是否是恶性，取决于B超检查下是否看到卵巢囊肿中的乳头结构，以及肿瘤标志物是否升高。如果有这些提示，以及手术探查指征，只有在显微镜下看到恶性证据，才能证明其为恶性。
如果只是单纯性的囊液、良性肿瘤，或者单纯性、生理性囊肿，可以进行复查。对于育龄期女性，每周期都有月经来潮，在排卵前卵泡可以长大，排卵以后会形成黄体，这些生理性囊肿也会长大。如果为单纯性囊肿，月经第5天可以复查，生理性囊肿会消失。
