射精后肛门疼痛的原因有慢性前列腺炎和急性前列腺炎等，具体如下：

1、慢性前列腺炎：射精后肛门疼痛最常见于慢性前列腺炎。病人发生慢性前列腺炎时，感染性致病菌刺激前列腺部尿道黏膜，导致黏膜水肿、糜烂，还会引起前列腺腺管发炎，导致腺体发炎，出现前列腺腺体炎性肿大。在前列腺腺体炎性肿大后，由于感染性致病菌波及射精管开口，导致输精管发炎，引起精液中致病微生物繁殖。在射精后，由于精液射到糜烂的后尿道黏膜，刺激前列腺部尿道黏膜引起疼痛，肛门周围前列腺部即会阴部出现胀痛、坠胀不适的症状；

2、急性前列腺炎：射精后肛门疼痛，还见于急性前列腺炎的病人。病人发生急性前列腺炎时，也会引起前列腺炎性肿大，导致会阴部明显肿胀和疼痛。在射精时，也会出现肛门前、阴囊后、会阴部的疼痛症状。

出现射精后肛门疼痛症状时，应及时到泌尿外科就医。通过抗生素治疗，多数病人的相关症状可以明显缓解。