巧克力囊肿又称为子宫内膜异位囊肿，手术通常要做肿物的剥除，通过腹腔镜进行手术。如果反复发作、粘连严重，也可以选择开腹手术来避免手术并发症。腹腔镜手术通常是在肚子上打孔，在肚脐部位放进trocar，即监视镜，下腹两侧各打1个或者是2个孔。
然后放入操作器械，将肿物切除后，可以通过钳子取出，或者放在标本袋里。通过一侧比较大的trocar口取出，腹腔的剩余卵巢可以进行缝合或者电凝止血，尽量保留部分卵巢的功能。
有些女性的巧克力囊肿通常会出现多发双侧，甚至和盆壁、子宫粘连得非常严重，还需要分离粘连，手术难度较高，风险较大。
