目前临床上并没有特别的甲状腺癌肿瘤标志物，尤其是比较常见的甲状腺癌，比如甲状腺乳头状癌、滤泡癌，或者是甲状腺未分化癌等，通常没有特定的肿瘤学标志物。一般情况下，也不需要用肿瘤标志物鉴别或诊断甲状腺癌，完全可以通过超声或者细针穿刺明确甲状腺癌的性质。
只有较少见的甲状腺癌有标志物，比如甲状腺髓样癌，属于甲状腺癌活性肿瘤，而且恶性程度比较高。通常有2个肿瘤学标志物，包括癌胚抗原(CEA)和降钙素。这2个肿瘤标志物和甲状腺髓样癌的恶性程度有一定的相关性，标志物表达水平越高，提示肿瘤恶性程度越高，或者是肿瘤出现淋巴结转移以及远处转移，对此类癌症的诊断和治疗后的复发，具有比较好的判断标准。
