羟氯喹主要可以用于治疗风湿性疾病以及免疫性疾病，作用机制可能与多个途径都有相关性。首先可能是与巯基有相互的作用，另外也可能会影响机体酶的代谢，影响 DNA的合成和利用。另外羟氯喹还可能会影响吞噬细胞的作用，并且还能够抑制炎症细胞因子的释放，从细胞因子的角度可以起到抗炎的作用。 总之羟氯喹的作用机制比较复杂，可以通过多种途径发挥治疗作用。
羟氯喹药物在临床上还可以用于自身免疫性疾病，比如系统性红斑狼疮以及其它的免疫疾病。在使用羟氯喹时需要注意，药物有可能会导致患者出现视网膜病变，可能会影响视力。因此如果患者需要使用羟氯喹，需要在用药前进行眼科的检查，并且在用药期间也应该定期进行眼部的检查，需要特别关注眼部的不良反应。 总之，羟氯喹主要是具有抗炎、抗风湿的作用。
