最有效治疗非淋菌性尿道炎的药物，一般选择大环内酯类药物，如罗红霉素、阿奇霉素、米诺环素等。非淋菌性尿道炎常见的致病菌是支原体、衣原体，在支原体中，常见的支原体是解脲支原体和人型支原体。在衣原体中，常见的衣原体是人型衣原体和沙眼衣原体，都是导致非淋菌性尿道炎常见的致病菌。

目前非淋菌性尿道炎的发病率，要比淋菌性尿道炎导致的淋病的发病率更高。对于非淋菌性尿道炎，最好做一个支原体、衣原体的培养和药敏试验，根据药敏结果，选择敏感的抗生素。

通常在药敏试验出来之前，可以经验性采用药物治疗，常见的、比较有效的药物为大环内酯类药物。在大环内酯类药物使用过程中，有一定的胃肠道反应。有些人服用大环内酯类药物后，可能出现恶心、呕吐的症状。因此对于大环内酯的药物使用，一般选择饭后口服，减少其不良反应。

总之非淋菌性尿道炎的治疗，需要根据药敏结果选择敏感的抗生素。而经验性治疗可以选择大环内酯类的药物，如阿奇霉素、罗红霉素、米诺环素等，注意胃肠道不良反应的发生。