真菌性角膜炎的治疗药物，眼科常见商品制剂是氟康唑滴眼液和0.5%的那他霉素滴眼液。氟康唑是临床上广泛应用的广谱抗、高效安全的三唑类药物。因为临床需要真菌的耐药率比较高，各种医院常根据药物的敏感试验配置了其它抗真菌的眼药水，比如多烯类药物是目前抗真菌像丝状真菌、酵母菌活性最高的药物，如两性霉素B滴眼液，还有伏立康唑滴眼液、克霉唑软膏等局部的眼药水和眼膏。
眼科还常用口服药物，氟康唑、伏立康唑、伊曲康唑等，还有增进抗真菌的、抗真菌的针剂，像氟康唑注射液，伏立康唑注射液，临床上面都能达到比较好的效果。真菌性角膜炎禁止用糖皮质激素，环孢素FK506也可以作为抗真菌用药。
