胃镜检查胃窦活检，一般是有急性的炎症或者慢性的炎症，或者有增生样的改变，或者有认为凭经验看到局灶有部分病变，如黏膜层而不是黏膜下层，会进行胃窦活检。需要等活检的结果，来确认有何种特殊的问题，比如有无癌前病变、肠化萎缩、不典型增生或者异型增生，或者早癌的部分表现，多数情况下，出现上述几种情况会去活检。
如果有慢性的胃炎也会去活检，慢性胃炎即看到局灶可以充血、水肿、花斑样改变，或者有增生样改变，甚至有粟粒样的改变，均是有慢性炎症的表现。通过病理显微镜来证实炎症的程度，有无异常的改变，和肉眼看到，即白光内镜下看到的符合率有多少。
胃窦活检的病理结果是更确切的病变性质的判定，所以有一定年岁、有镜下的部分增生量的改变，会取活检、送病理，等待病理结果给予明确的诊断。
