很多人肾疼和肾区的疼痛区分不开，所以要仔细的分析肾区的位置以及肾区的组织和器官出现了病变，才能进行详细的鉴别诊断。
肾区不但包括肾脏，还包括皮肤、肌肉、骨骼和输尿管等，因为每天早晨都肾疼，皮肤局部的病变可能性不大。每天早上肾疼有可能是肌肉骨骼的病变，或者肾脏本身的病变。
肌肉的病变最常见，持续存在很长时间的疼痛不适的情况就是腰肌劳损。腰肌劳损是肌肉受到损伤而表现出来的一种异常，在夜间睡觉的时候床铺过硬过软，容易出现加重，所以早晨起来容易出现腰部不适或者疼痛的感觉。
腰椎间盘突出和骨质增生可以长期的存在，在夜间睡觉的姿势不合适，或者床铺过硬、过软的时候，容易出现加重、出现疼痛。
肾脏疾病如果长时间的存在，例如结石、积水的情况，可以存在早晨起来肾脏的不适。因为不同的病因处理的方式不同，所以对于每天早晨起来发现肾区的疼痛，需要仔细的进行鉴别诊断。
