肠结核会侵犯回盲部，即右下腹，因此肠结核患者表现为右下腹不适、疼痛，大便也会出现改变，腹泻、便秘或腹泻和便秘交替出现。还会出现全身系统症状，因为肠结核继发于肺结核，可能会有低热、盗汗、营养不良、咳嗽等。
内镜下可以看到以回盲部为主，肠道表面形成溃疡，溃疡有时难以与白塞病、克罗恩病等进行鉴别。肠结核诊断需要结合症状、实验室检查、内镜下表现、病理学检测，诊断关键是病理组织中是否能够检测出结核杆菌，也可以观察患者血液中结核菌检测情况。
肠结核的治疗主要是抗结核治疗，给予足量、足疗程的抗结核治疗，可以治愈本病。患者肠道溃疡可以得到愈合，但会遗留瘢痕，部分患者因瘢痕愈合之后，导致回盲瓣口狭窄，进而导致不全肠梗阻出现。
