三叉神经疼痛部位主要在头面部，三叉神经主要包括眼支、上颌支以及下颌支三个分支。当眼支出现病变时，疼痛部位主要在额部与眼部周围。当上颌支出现病变时，主要出现在鼻翼上层全部以及上牙槽神经，包括门牙、门齿附近侧牙。当下颌支出现病变时，下牙槽、颊部甚至舌部都会出现剧烈疼痛。

因部分咀嚼功能也通过三叉神经来支配，因此三叉神经引起的疼痛，从支配区域可看出主要在面部、颊部。三叉神经疼痛位置较明确，为面部，包括口角、唇角、眼角等部位。此外，下颌角受到刺激后，也可引起剧烈疼痛，方可诊断三叉神经痛。