胃肠镜需要通过插管进行检查，胃镜要从嘴里插管，经过咽部、食管进入胃内，还要观察十二指肠。肠镜则经过肛门插管，插到肛门直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠，甚至小肠末端。
胃肠镜的基本结构都是软管样结构，胃镜相对较细，1.1cm左右，不到大拇指粗，肠镜比大拇指稍粗，1.2-1.3cm，软管头端装有高清数码相机。目的是将数码相机送到人体内，从而对胃肠道进行充分观察，详细观察放大的图片，能最直观、最准确、最精确的检查到胃肠道内病变。
另外通过胃肠镜还可以对一些病变进行早期充分的治疗，能够有效消除掉癌前病变，避免癌前病变向癌的发展，进而起到预防癌症的重要作用。目前胃肠镜下的检查治疗是针对胃肠道癌症，早期发现、早期治疗，挽救患者生命的最为有效、值得推崇的办法。
