目前很少有治愈的慢性乙型肝炎患者，因为慢性乙型肝炎患者的乙肝病毒cccDNA模板目前没有药物可以清除。部分患者可能会对乙肝病毒产生免疫耐受性，导致免疫系统特异性免疫功能下降。
而且目前也没有药物能够彻底清除乙肝病毒，所以只有极少数慢性乙型肝炎患者能够彻底治愈。大部分患者通过抗病毒对症治疗，仅可以达到最好的临床治愈，这类患者的特点是乙肝表面抗原阴性，伴随或不伴随表面抗体产生，无法用高灵敏度检测出乙肝病毒DNA定量。
实现临床治愈的患者，一部分是通过自己的免疫功能清除，一部分是用干扰素或干扰素联合核苷类似物进行治疗，患者通常处于免疫清除期，或表面抗原水平很低的特点。
目前大部分的慢性乙型肝炎患者主要是通过核苷类似物或干扰素联合应用，实现在血中检测不到乙肝病毒、肝功能完全稳定、影像学没有特殊变化的目的。
虽然乙肝表面抗原没有阴转，但可以将体内血液中的乙肝病毒降到最低，缓解乙肝病毒对于肝细胞的损坏，延缓肝纤维化、肝硬化的进展，减少肝癌的发生率。
