打胶原蛋白针有一定副作用，与其他注射发生出血感染及过敏反应相似，均具有一定风险，所以需慎重选择正规医院进行注射及选择注射正规药物，才能保证注射胶原蛋白安全性与效果。胶原蛋白作为人工合成软组织材料，与体内胶原蛋白组成较相似，对于局部皮肤可起到较好的支撑作用。所以作为软组织的填充材料，可以选择注射泪沟凹陷填充、注射隆鼻、隆下巴等，进行胶原蛋白填充。
若选择的材料较不正规，体质也相对较敏感，注射后会出现相应过敏反应，即在身体免疫力较差情况下或处于超敏状态下，局部发生肿胀发红、起疹子、长痘痘等现象。其为胶原蛋白注射后较常见的副作用，若口服抗过敏药物没有彻底缓解的可能，建议使用溶解酶将胶原蛋白溶解。因为存在机体无法适应胶原蛋白针的可能，需慎重进行选择胶原蛋白针的注射。
