绝大多数情况下，单纯疱疹病毒一旦感染了就会终身携带，但终身携带并不一定会致病。很多时候只要得到有效的治疗，病毒会长期处于休眠状态，既不传染别人，自己也没有出现任何症状，又称为功能性治愈。因此，虽然生殖器疱疹病毒是终身携带，但也可以达到功能性治愈、长期抑制的状态。
生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染引起，单纯疱疹病毒感染可分为Ⅰ型和Ⅱ型。单纯疱疹病毒一旦感染以后，会潜伏在尾骶部的神经节细胞内。因为人体自身有一个保护机制叫做血-脑屏障，在人的神经外面有一层较厚的膜保护神经，以免神经遭受到外界的攻击，损伤神经，所以使用的药物很难穿透保护膜，使药物渗透到神经内，来清除神经内的单纯疱疹病毒。
