小二阳的患者首先在治疗之前，应该进行乙肝病毒HBV-DNA的检测。如果HBV-DNA阳性，出现了转氨酶的升高，排除了其他的疾病，这种情况需要抗病毒治疗。
如果患者转氨酶正常，但DNA阳性，需要监测患者其他的影像学，以及生化学的检查指标。如果提示肝脏有损伤，而且病情有进展，这种情况下即使转氨酶不高，也要进行抗病毒治疗或者做肝穿刺检查。如果炎症或者纤维化指标在二级以上，也要抗病毒。
另外患者如果已经进入了肝硬化或者失代偿期的肝硬化，都要进行抗病毒治疗。此外如果是有肝外的表现，比如出现了乙肝肾也要抗病毒，或者出现了肝癌也要抗病毒。
如果患者年龄超过了30岁，即使转氨酶正常，但家族有肝硬化或者肝癌的患者，这种情况也要积极抗病毒治疗。所以对于提示肝脏有进展，而且出现了肝病相关的病情表现，基本上都需要抗病毒治疗，即使转氨酶正常也要积极抗病毒治疗。
乙肝病毒HBV-DNA阴性单纯表现为小二阳，如果需要使用免疫抑制剂，需要应用放化疗药物，或者进入到了失代偿期的肝硬化，已经出现了肝衰竭。这种情况尽管HBV-DNA阴性，只要表面抗原阳性也要抗病毒治疗。
