男性肚子右侧疼痛的原因比较多，右侧疼痛分为右上腹疼痛和右下腹疼痛，疼痛的部位不一样，原因也会有所不同，具体如下：

1、右上腹疼痛：首先要考虑肝脏和胆道系统疾病，比如肝脏肿瘤，出现肝癌、肝内胆管结石、肝脓肿等，这些可能会引起疼痛。还有胆总管和胆囊如果有结石、炎症、肿瘤时，也会引起这种疼痛。对于肝胆疾病，可以做彩超检查明确诊断，准确率比较高。右上方还有一些病变，当结肠肝区、胃窦和十二指肠等部分出现疾病，比如患有胃窦溃疡、十二指肠溃疡、十二指肠肿瘤等，也会引起右上腹疼痛。此时一般需要进行胃十二指肠镜的检测。对于横结肠右半部以及升结肠脾区的病变，一般需要做结肠镜，查看是否有肿瘤、炎症；

2、右下腹疼痛：首先考虑阑尾区病变、回盲部病变，如果有阑尾炎、阑尾肿瘤、回盲部肿瘤，就会出现右侧疼痛，此时一般通过结肠镜检查，还有CT的检查就可以明确诊断。其次，右上腹还有回肠末段的小肠，这些回肠末端小肠好发肠结核、克罗恩病，这些疾病也会引起疼痛，这种一般需要通过消化道造影，或者CT进行检查。此外，右下腹还有右侧输尿管结石，都可能会造成右侧腹部疼痛。

右侧腹部疼痛的原因比较多，要根据不同的部位、不同的疼痛性质做相应的检查。