在月经已经结束时出现褐色分泌物，常见原因如下：

1、黄体功能萎缩不全：正常情况下女性卵巢有周期性排卵功能，以及周期性雌孕激素水平分泌。在月经刚结束或未完全结束时，属于卵泡在生长发育阶段，此时雌激素水平升高促进子宫内膜恢复，使月经明显停止、子宫内膜不断增厚，进而在排卵后将会有卵巢黄体形成。卵巢黄体能够分泌雌激素和孕激素，雌孕激素能使增殖期的子宫内膜，逐渐转变为分泌期。如果没有受孕，卵巢黄体的功能维持14天，会出现自然的萎缩，雌孕激素水平骤然下降有子宫内膜的剥脱出血，即月经来潮。所以周而复始的卵巢排卵以及雌孕激素水平的分泌，就能够周而复始使子宫内膜处于增殖期、分泌期和剥脱改变。但如果部分患者黄体功能出现萎缩不全、黄体功能下降将会导致整个月经期，甚至月经即将结束时，受到孕激素水平影响，患者可出现经后淋漓不尽的褐色分泌物；

2、炎症、器质性病变：包括子宫内膜、宫颈息肉，或子宫内膜、宫颈的癌前病变或癌变，部分患者与子宫黏膜下肌瘤、腺肌症、腺肌瘤等有关。