新型冠状病毒感染和咽炎有很多差异，想要区分二者，最根本的可能还是通过新型冠状病毒核酸检测。因为单纯从症状来区分，二者会有重叠，最终的诊断还是靠实验室检查。如果新型冠状病毒核酸检测阳性，则可以诊断为新型冠状病毒感染，如果是阴性，就可以排除新型冠状病毒感染。

这两种疾病的病因差距也很大，如新型冠状病毒感染可能会有咽部的症状，就是来源于病毒感染。而咽炎有很多原因，可能是病毒感染，也可能是细菌感染，其中病毒感染可能是其他的普通感冒病毒，或者是一些甲流、乙流等流感病毒等，各种病毒都可能会引起咽炎。

此外，非特异性因素，如可能一些烟、酒的刺激，包括一些辛辣食物的刺激等，也可能引发咽炎，所以二者病因方面差异很大。

在症状方面，新型冠状病毒感染以后，可能会表现为单纯的咽部不适，也可能会引起全身各个系统受损的表现。而咽炎的主要表现就集中在咽部不适的症状，治疗上的差异更大。