止痛药存在一定的副作用，止疼药主要为阿片类药物如芬太尼，副作用包括呼吸抑制、恶心、呕吐、尿潴留、胃肠道蠕动减慢、便秘甚至瘙痒等。芬太尼、吗啡类药物在手术中主要用于镇痛，目的为保持血压平稳、心率适当。
通常经验丰富的麻醉医生使用正常的药物剂量后，均可以规避药物的并发症和副作用，并给予一定的处理，如患者呼吸抑制可给氧，恶心、呕吐给予止吐药，便秘可使用通便的方法，尿潴留患者术后可给予尿管导尿，瘙痒等问题均可以进行处理。止痛药的使用在严密检测，以及麻醉医生正常使用的情况下，均可以保证病人安全且术中使用不会成瘾。
