扁桃体肥大的治疗取决于扁桃体肥大的原因，常见扁桃体肥大的原因是扁桃体的反复发炎，如果扁桃体发炎每年超过4-5次，发作连续超过2年，就应该考虑进行扁桃体的切除。因为扁桃体反复发炎可能导致风湿性心肌炎、风湿性心瓣膜炎、风湿性关节炎，以及肾病等重大脏器的疾病，应及早切除扁桃体，避免并发症的出现。如果脏器疾病已经出现，只要患者能够耐受手术，还是要及时切除病灶，才能对疾病进行有效的治疗。
有些扁桃体肥大的情况，可能扁桃体未发炎但出现了肥大，这时要考虑扁桃体肥大的程度。如果扁桃体已经大到阻塞口、咽腔，无法进食、吞咽固体食物，睡觉时打鼾比较明显，出现张口呼吸，需要进行手术治疗，要做扁桃体的消融，让扁桃体恢复到正常大小，以解决吞咽障碍和呼吸的问题，以免影响生长发育。
