巢囊肿出血通常会有腹痛的表现，结合B超甚至是后穹窿穿刺，比较容易确诊。卵巢囊肿出血可以是卵巢囊肿腔内出血，也可以是卵巢囊肿破裂以后的外出血。如果是腔内出血，通常B超可以发现卵巢囊肿内有血液样的回声，以及积血样的血回声。
如果是卵巢囊肿破裂引起的出血，最常见是黄体破裂。通常发生在月经的后半期，同房以后发生剧烈腹痛，B超可以看到卵巢附近有低回声包块，通常是血块，腹腔内、盆腔内可能有积液。如果积液很多，有活动性出血，需要手术止血。如果出血不多，可以进行保守治疗，给予止血和预防感染的药物，观察病情变化。
还有一种卵巢囊肿破裂出血是巧克力囊肿破裂，通常发生在月经期和月经前后，囊肿破裂流出的是陈旧血液，也就是巧克力色的血液。但是这种囊肿破裂引起的腹膜刺激症状比较明显，会出现腹痛甚至是肠梗阻，如果症状严重，也需要手术治疗。
