若进行肠镜时发现息肉较小的情况下，可以进行切除。但在切除息肉前需留取活检，即取出坏组织送病理检查。切除息肉后无法保证能够将息肉送病检，所以为预防意外，应在切除息肉前取组织进行活检以备用。但若息肉较大，为防手术后出现严重的并发症，建议患者住院后在肠镜下切除息肉进行检查。
若在肠镜检查过程中发现息肉的状态不良，无法确定为良性息肉，也应尽量取活检，等待病理检查结果后再予以进一步治疗。若病理结果为良性息肉，可以进行肠镜下切除；若病理结果为恶性，也可以在肠镜下进行切除。但与良性息肉的切除方式存在差异，切除恶性组织时，范围通常会更大。因此若在肠镜检查过程中发现息肉，通常可以直接予以切除。
