大部分的转氨酶升高，如谷丙转氨酶和谷草转氨酶升高，都是肝病引起，但并不传染。少部分转氨酶升高，尤其是单向的谷草转氨酶升高，是由于肝脏以外的其它脏器疾病所致。

谷丙转氨酶和谷草转氨酶同时升高的情况，一般见于各种原因所导致的肝脏损伤、炎症或肝脏硬化。比如国内最常见的病毒性肝炎、乙型肝炎、丙性肝炎，以及甲型和戊型肝炎，都可以表现为转氨酶升高。另外药物性肝损伤、酒精性肝病，也可以引起转氨酶升高。

还有一类疾病，常见于老年女性的原发性胆汁性肝硬化，可以表现转氨酶升高及胆酶升高。胆酶主要指的是转肽酶、碱性磷酸酶，会与转氨酶同时升高。此外，还有部分遗传代谢性肝病，也可以引起转氨酶升高。

对于转氨酶升高而不是肝病的疾病，常见于肌肉受损，如急性心肌缺血或心梗，可以引起谷草转氨酶升高，以及肌酶升高。另外，肌炎等肌肉炎症，以及肌肉的挤压伤或坠落伤等肌肉受损，也可以引起谷草转氨酶和肌酶升高。