目前无法将飞秒与激光手术进行比较，因为飞秒激光属于激光手术，但临床认为全飞秒激光是相对更安全、更高效的激光矫正方式。全飞秒激光又称飞秒激光小切口角膜基质透镜取出术，可通过飞秒激光在患者的角膜基质层磨制透镜，再通过2mm的小切口将透镜取出，以改变角膜的屈光状态。
全飞秒激光手术后，患者的视力可得到提升。由于不需要制作角膜瓣，仅使用飞秒激光在基质层内进行精准的切削，所以术后患者通常不会发生视力的回退或干眼。此外，由于切口较小，所以发生感染的可能性也较低。因此全飞秒激光手术被认为是目前较为安全的激光手术，属于激光手术的一种。
