检查抗体的科室，主要取决于具体疾病，临床大部分需要测抗体的疾病需要就诊风湿免疫科。例如需检测抗核抗体、抗CCP抗体、类风湿因子等，主要目的是排除患者是否患结缔组织疾病，包括系统性红斑狼疮、类风湿关节炎等。但也有部分器官特异性疾病，如甲状腺疾病，包括桥本甲状腺炎，也可以出现髓过氧化物酶抗体、甲状腺球蛋白抗体阳性。主要是前往内分泌科就诊，明确是否存在桥本甲状腺炎。

虽上述疾病均属于自身免疫相关疾病，但也需到不同科室就诊。对于风湿免疫科，如果患者存在系统性症状，包括全身症状，如发热、乏力，或者皮肤黏膜改变，如口腔溃疡、脱发、皮疹，或者关节、肌肉症状，如关节肿痛以及肌肉疼痛、无力等，或者有其他各系统的受累症状，都建议到风湿免疫科就诊，排除是否存在结缔组织病。需要检测抗核抗体以及下属的多种抗体，包括双链DNA抗体、史密斯抗体等较多抗体谱内的抗体。