有很多因素影响骨肿瘤复发，针对不同骨肿瘤的性质，复发原因各不相同，比如骨良性肿瘤，复发概率很小，大多是因为病灶残留，或者因为骨肿瘤发生的机制不明确，比如骨囊肿可以复发。但这些病灶为良性，在不影响骨强度、神经功能的情况下，局部没有临床症状，可以进行临床观察，不需要进行处理，因为为良性，基本不会进展。对于部分带有侵袭性的肿瘤，比如骨巨细胞瘤，这些肿瘤的复发往往是因为局部病灶处理不够到位引起，肿瘤残留在内部，这是骨巨细胞瘤常见的复发原因。这样的病人需要重新把病灶再按照最规范的手段，彻底处理干净，大部分时候可以做病灶内刮，可能切掉这一段骨头，在彻底清除干净病灶的基础上复发率很低。

原发恶性肿瘤，复发原因很复杂，因为这些肿瘤的恶性度很高，可能会随着血液在全身到处流动，可能局部浸润范围超过影像学以及临床的判断的范围，这样的病人的局部复发很难估计。对于这些病人的治疗保障，还是依靠全身化疗，化疗有效的情况下，复发率相对较低。若肿瘤对化疗不敏感，复发机会更大。对于有些肿瘤，比如尤文氏肉瘤，通过辅助放疗，局部复发机会较低。有一些特殊部位的尤文氏肉瘤，如果不放疗，复发机会也会高，这些因素都会影响到肿瘤的复发结果。