胸腔镜检查主要包括检以及查，检主要是指取材，如活组织检查即活检，包括对人体标本的收集，如对胸腔积液或分泌物的收集，收集完之后用于各类疾病病因或鉴别诊断，甚至治疗。查主要是观察，需要对胸腔器官如胸膜、纵隔、心脏、肺脏、膈肌、胸壁等进行观察和记录。除此之外需要观察胸腔内病灶的情况，需要观察病灶形态、大小、位置、周围血管或胸膜分布情况和质地情况等。
而胸腔活检主要侧重于检，采用医疗手段对胸腔内病灶或组织进行取样化验，主要针对于胸膜、肺或肺部结节，方法有两种：1、胸腔镜进行活检；2、CT或者B超引导下穿刺。
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