PET-CT90%的临床应用是用于肿瘤诊断、鉴别诊断，或者指导临床穿刺活检，或者给予肿瘤进行相应临床分期，或者寻找肿瘤原发系列临床应用。

所以现在很多病变通过常规的检查方式，超声、CT或磁共振后，难以确诊的情况下，多依赖于PET-CT进行检查。而PET-CT可为肿瘤的鉴别诊断，提供非常有效的意义与价值。现在常规使用的是18F-FDG显像剂。甚至可针对不同肿瘤，采用用碳-11标记的胆碱（11C-CHO）或者蛋氨酸（11C-MET）的系列显像剂，对肿瘤进行诊断、鉴别诊断，达到非常好的诊断肿瘤目的。