支原体感染不治疗，可能不会出现不良后果。部分男性患者做精液培养时，经常能够检查出支原体感染，但精液质量并未出现任何异常，甚至部分已经孕育生命，如无异常可暂时不予治疗。支原体感染属于常见现象，多数人群支原体可能于体内寄生，若未造成影响可不进行治疗。若存在影响，如导致男性尿道炎影响精液质量，或引起女性阴道感染、盆腔炎等，则需进行相应治疗。
支原体感染通常使用抗生素治疗，因为支原体培养时，可进行药敏试验，可根据药敏试验结果选择敏感抗生素治疗，治疗后可进行复查，明确支原体有无转阴。支原体治疗后，多数患者可治愈，但少数患者可能比较顽固，治疗无效或转阴后出现反复，此时需明确影响程度，决定是否需继续治疗。
