小孩发烧39℃的时候，可以采取以下方法进行处理：

1、对症治疗：39℃属于高热。小孩在体温上升过程中容易诱发惊厥，所以高热时可以给小孩口服退烧药，退烧药可以选择对乙酰氨基酚或者是布洛芬，一般应用半小时到1小时开始起效，配合多喝温水。1-2小时以后会有明显的体温下降，但是退烧药只是对症治疗，并没有针对引起发烧的病因。所以发热仍然会反复，间隔6小时以后还可以再继续给小孩应用1次退烧药，这是对症退烧治疗；

2、对因治疗：还要针对引起发热的原因进行治疗，要仔细观察小孩有没有咳嗽、呼吸急促、呼吸困难，有没有恶心、呕吐、腹胀、腹泻，有没有精神萎靡、嗜睡、抽搐等症状，有没有尿频、尿急、尿痛，有没有皮疹、淋巴结肿大等情况。如果小孩有明显的上述症状，应当及时带小孩到医院就诊让医生查体。完善血常规、感染指标或者是胸片等相关检查。明确感染的部位、感染的类型，并针对病因来进行治疗，这是感染引起的发热。另外有一些孩子发烧也有可能是由于免疫系统疾病，或者是肿瘤性疾病引起。往往会有长期的发热，根据小孩的临床表现，如果存在长期发烧伴有贫血，伴有淋巴结、肝脾的肿大等，往往要考虑这两种疾病，比如血液系统的肿瘤或者是免疫系统疾病，要完善相关的检查明确诊断，再根据诊断的结果进行治疗。