太田痣的发病有一定的遗传因素，主要表现为常染色体显性遗传的特征。在胚胎发育期间，黑色素细胞由神经脊向表皮移行的过程中，因为某些未知的原因造成黑素细胞在由真皮向表皮穿越的过程中出现障碍，就停留在真皮，所以形成了太田痣。

虽然太田痣有遗传性，但并不是单基因的遗传。并不是父母有孩子就一定。虽然太田痣有一定的遗传因素，还可能和母亲在怀孕期间某些不明原因造成的黑色素细胞在移行过程中出现些障碍有关系。