肠镜在临床上现在越来越普及，对于诊断肠道疾病起到很大的作用。肠镜的检查主要有诊断和治疗用处。如果出现下消化道出血，高度怀疑肿瘤或者血管病变，需要做肠镜检查，或者有相关的症状，腹痛、腹泻，便秘，大便性状改变，需要肠镜检查或者结直肠手术术后、结肠息肉术后常规复查，或下消化道造影影像学或高度怀疑有病变，不能确定性质，需要做肠镜检查。

肠镜还可以做息肉治疗。在临床上分为普通肠镜和麻醉肠镜，叫无痛肠镜。主要区别为是否在麻醉状态下的检查，普通肠镜病人因为有意识，在观察的时候不停的打气，反复牵拉，病人会有腹痛、腹胀感，有的病人甚至疼痛难忍，最后要终止检查。无痛肠镜检查由于病人是睡眠状态，这种反应比较轻微，所以大多数病人能够很顺利进行完检查，而且病人没有不舒服的感觉，但是麻醉下，病人会出现轻度呼吸抑制、呼吸减弱、心跳减慢、血压下降，但是一般是一过性，而且通过检查之后，经过密切观察，检查结束之后会迅速地让病人恢复清醒，一般影响不大。