扁桃体术后耳朵疼是因为耳咽神经感觉支分为两支，所以咽部疼痛有可能引起耳部的反射性疼痛。扁桃体切除手术是耳鼻喉科一种常见的手术操作，因为扁桃体出现炎症，或者其他病变，导致需要切除扁桃体。
在扁桃体切除术后，咽部常常会有比较大的创面，引起咽部比较明显和严重的疼痛。而因为神经分布的特点，耳咽神经分两支，一支分布在咽部，一支分布在耳部，两支分支最后合成一支，称为耳咽神经，因此，两个部位的疼痛在中枢感觉起来常常难以分辨。也就是说如果咽部因为炎症或者手术刺激而导致炎症反应，产生耳部的明显的反射性疼痛，但大脑有时分辨不出到底是耳部的疼痛，还是咽部的疼痛。
因此如果扁桃体切除术后出现耳朵疼，并不一定是耳朵出现了问题，有可能是神经反射痛造成。充分减轻咽喉部的炎症反应，减轻咽喉部的疼痛，耳痛自然也会消失。
