一般甲硝唑片治疗肠道内和肠道外疾病，阿米巴病比如阿米巴肝脓肿、胸膜阿米巴病等。一般在临床上用于治疗妇科、消化科、呼吸科、皮肤科等疾病。妇科大部分见于阴道炎，以及广泛性的厌氧菌感染。一般消化科大部分见于感染性腹泻、慢性溃疡性结肠炎、伪膜性肠炎、消化性溃疡。呼吸道疾病多见于双肺肺炎、支气管扩张等。皮肤科病如银屑病，另外还有肠道寄生虫病患者，蛔虫病、疥疮、痔疮出血、急性皮疹、脚癣等。
用药时注意哺乳期妇女和妊娠期3个月以内的妇女不建议用。患有神经性疾病和血液病时也是禁用的。在口服药时一般容易出现运动失调和其他中枢神经系统的临床表现，应用时也特别要慎重。应用甲硝唑片时，有时有些病人可以出现头疼、失眠、恶心、呕吐、食欲不振，甚至有的人白细胞减少、膀胱炎等。这时建议病人停用，停用以后一般以上阳性体征会很快得到恢复。
