霉菌性阴道炎的发病机制其实绝大多数都是内源性，因为在女性的阴道内、肠道内以及口腔内，都有可能会有真菌的存在。在女性抵抗力、免疫力下降时，就有可能会出现异常的增殖动态。阴道内原有的细菌病原体处于微生态平衡环境中，只有当平衡被打破，才有可能会有厌氧菌或者假丝酵母菌等等条件性的致病菌，也就是说一定是在某种环境平衡被打破时才会发病。

无论是否有过性生活的女性，都有可能会有霉菌性阴道炎，也就是外阴阴道假丝酵母菌病。但是如果是频繁进行性生活，有可能会加重霉菌性阴道炎的反复发作。因为当性生活时，由于外生殖器的摩擦、刺激，会导致阴道内环境出现一过性的平衡被打破，因此原有的条件致病菌在这时也会更加容易发病。

除此以外，更多的是女性由于应用了广谱抗生素、免疫抑制剂，或者女性属于妊娠期、患有糖尿病等，将会更容易患外阴阴道假丝酵母菌病。还有一些就是由于自身的卫生条件欠佳，没有特别的注意外阴、阴道的内环境保护，应用了没有完全消毒、被污染的毛巾、浴巾、马桶坐垫等，也容易导致间接性的传播。