其实胃间质瘤的治疗，是以手术为主的综合性治疗，其实最主要的手段是手术和靶向药物的治疗。
胃间质瘤相对比较特殊，不需要接受化疗，对于这个疾病的治疗，取得长足的进步是最近20年的时间，这和伊马替尼这种靶向药物的出现密不可分。目前对于胃间质瘤的治疗，除了手术要尽量达到R0切除，并且不能造成肿瘤破裂，最关键的因素之外，靶向药物治疗在治疗当中也起到了至关重要的作用，其中伊马替尼就是非常明星的药物，目前作为标准的一线药物治疗，也就是对于有中危或者高危的患者，在手术以后都要常规使用伊马替尼治疗。
同时对于有些可以使肿瘤缩小，达到减少器官切除，或者使不能切除的患者达到可切除的程度，在这方面的新辅助治疗上，伊马替尼也起到了至关重要的作用。同时还有2线、3线、4线，甚至其他针对特殊靶点的，比如针对原发对伊马替尼耐药的D842V突变位点的胃间质瘤，现在也有刚刚上市的阿法替尼，可以对这个疾病进行针对性治疗。
