牙跳着疼可能存在急性根尖周炎，而且局部形成根尖脓肿。每个牙齿由牙冠和牙根组成，牙根周围有一定的牙周韧带，称为牙周膜。
如果有龋病、牙髓病，没有及时进行治疗，细菌会通过根尖孔进入根尖周围组织。细菌会产生大量的毒素，此时血液中的白细胞会来到根尖周围并吞噬细菌，吞噬细菌后白细胞会变成脓细胞。
细菌产生的毒素还会刺激白细胞，使白细胞发生破裂，导致白细胞中的液体成分流入周围组织，这些液体会变成脓汁。患者经常可以看到创口流脓，脓液呈现黄色。
如果脓液积存在根尖周围，由于周围全是骨组织，较为坚硬，脓汁会刺激牙周膜中的神经末梢，引起剧烈疼痛，此时患者会感觉到剧烈跳痛。
如果没有及时进行治疗，脓汁会继续破坏周围骨组织，可以破坏骨松质，甚至破坏骨密质、骨膜，形成骨膜下脓肿、黏膜下脓肿。如果再破坏黏膜，会形成瘘道，此时脓汁会流出，从急性根尖周炎转变为慢性根尖周炎。
