肝结核最好的确诊方式是肝脏部位做穿刺活检，肝结核的临床诊断难度较大，因为有时临床表现并不典型，一般是在做进一步检查时，比如肝超声检查、CT检查，发现肝内有异常回声或者异常占位，然后根据占位所在位置，在B超引导或CT引导下做穿刺活检。

接着将活检组织取出，在显微镜下做病理检查和细菌学检查。此时如果在穿刺标本组织中看到典型的结核改变，以及抗酸杆菌阳性，此为确诊指标。近些年可以通过分子生物学检测，检测出结核的特异性基因，这些都是相对有确诊意义的检测手段。