甲状腺囊肿一般来说都是结节性甲状腺肿，生长过程中由于囊内组织的生长，使得囊内组织有可能会出现缺血、坏死，缺血、坏死以后就可以发生囊性变。
有时候甲状腺接近甲状腺肿的囊内组织也可以发生囊内的出血，出血以后血肿可以吸收。但是有时候可以形成膜，这个膜又加上囊壁水分的渗出，就可以慢慢积聚形成甲状腺的囊肿。
甲状腺囊肿本身对甲状腺的影响比较小，发生癌变的几率也比甲状腺的实性结节低。但是有个别的甲状腺囊肿可以发生癌变，叫囊肿加实性结节里面甲状腺组织的癌变。
甚至有个别的甲状腺囊肿报告是囊肿，但其实可能是癌转移。所以甲状腺囊肿甚至甲状腺附近肿大的淋巴结囊肿，对个别病人特别要警惕，因为个别病人会发生癌变，但是对绝大部分病人来说没有问题。
