HPV31型阳性说明发生HPV31型病毒感染，HPV感染目前尚无药物可以彻底清除病毒，不管哪种类型的病毒，都没有药物可以完全将病毒清除。
目前临床常用针对HPV的药物是重组人干扰素α2b凝胶，可以起到干扰病毒合成的作用，但是不能起到完全清除病毒的作用。
还有一些手段，包括蛋白生物凝胶、光动力治疗等，都对HPV有一定的清除作用，但是仍然无法达到完整完全清除病毒的作用。因此HPV31型阳性的患者首先要排除宫颈癌、宫颈上皮内病变、生殖道尖锐湿疣。
如果没有任何的宫颈细胞学改变和组织学改变，也没有生殖道尖锐湿疣的表现，单纯的HPV31型病毒感染可以先不予治疗，尤其是年轻女性，多数可以通过自身免疫力将病毒清除，0.5-1年之后再进行HPV复查。
在此期间，可以通过锻炼身体增强机体抵抗力，也可以使用重组人干扰素α2b凝胶辅助清除病毒。
