心肌炎通常与先天心脏结构、功能没有太大关系，儿童暴发性心肌炎与先天心脏是否正常没有较大关系。心肌炎主要的原因为病毒感染、细菌感染，以及肿瘤、放射等原因，儿童心肌炎通常为病毒感染造成，包括消化道病毒感染、呼吸道病毒感染等，从而导致心肌炎症反应。

发病机制可能为病毒直接对心肌细胞造成侵犯和损害，也可能为病毒感染后诱发机体免疫反应，病毒可能在体内有一部分物质，与人体正常结构组织相似，则体内的免疫系统本身目的是清除病毒，但有时病毒或病毒产生的代谢产物与心肌比较相似，从而人体免疫系统有时将心肌组织认为是病毒的一部分，从而进行损害、破坏，即由于微生物感染后造成自身免疫异常。

大多数患者的心肌炎均属于自限性的过程，通常经过1-2周即可完全恢复，并不留后遗症。极少数患者在急性期严重时可能对心脏造成严重损害，出现心律失常、心力衰竭等，称为暴发性心肌炎。但通常经过急性期后，患者预后总体较好。