男孩小便疼痛，临床上主要见于以下两种情况：

1、包皮龟头发炎：包皮垢里的细菌，比如大肠杆菌、表皮葡萄球菌，引起包皮、龟头发炎，局部皮肤可能会出现一些裂纹，在排便时，因为尿液对伤口的直接刺激，就会引发疼痛。这时通常男孩有包皮过长，或者包茎、包皮口、包皮是一个红肿的表现。治疗以外用的抗生素软膏为主，比如红霉素软膏，或者百多邦(莫匹罗星)来进行治疗，一般涂抹3-7天，就会有显著地缓解；

2、尿路感染：如果是包皮炎诱发的尿路感染，细菌不仅影响到了包皮和龟头，还进一步地影响到尿道，造成尿道黏膜的充血、肿胀、渗血，感觉神经变得敏感，特别是尿液流经尿道时，产生小便的疼痛，甚至出现男孩畏惧排尿的现象。这个时候做尿常规检测，通常发现白细胞显著上升，采用抗生素治疗时，如果没有青霉素或头孢类抗生素的过敏史，首选头孢克洛进行治疗，男孩一般在3-7天会有一个显著的症状改善。