甲状腺功能亢进症是在怀孕3个月内最容易导致流产的因素，不同的妊娠期合并症或并发症以及由于外界感染等因素，可导致怀孕3个月内流产。怀孕3个月后胎儿已经成型，胎儿种植已比较可靠，所以发生流产风险较小，而有些有害因素，包括弓形虫、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒和风疹病毒感染等造成胎儿异常或畸形，也会在怀孕3个月内发生流产。
如果并非是出生时染色体异常的唐氏儿，当胎儿染色体发生异常时，大多数会在怀孕3个月内流产。甲状腺功能亢进症的患者并非都会流产，但是甲状腺功能亢进症抗体会通过胎盘影响胎儿，如果导致胎儿甲状腺功能亢进，或导致胎儿甲状腺功能减退，可能会导致胚胎生长发育不良、胚胎停育或自然流产。所以通常建议甲状腺功能亢进症患者将甲亢治愈后，停药半年以上再怀孕较安全。
