肝素属于抗凝药物，但并非常规保胎药物，部分患者使用肝素后可能会改善妊娠结局。使用肝素患者包括血栓全状态即血液呈高凝状态、自身合并自身免疫性疾病，此种情况下患者本身处于高凝状态，建议患者在移植后使用小剂量阿司匹林联合低分子肝素进行治疗。此时使用肝素后比不用肝素患者妊娠结局存在明显改善，但如果患者处于较好状态时，生殖科医生也不会将肝素作为常规保胎药物。
如果患者出现反复着床失败、反复妊娠丢失时，存在文献报道此类患者应用低分子肝素时对妊娠结局具有改善作用。如果患者进行反复种植后，出现不明原因的不易着床情况，也可加入低分子肝素，此种情况下应用原因目前在医学手段上可能没有被发现。此外，可能利用肝素非抗凝作用，促进胚胎着床、抑制绒毛、抑制滋养叶细胞凋亡。
