肾结石和输尿管结石最大的区别是位置不同，肾结石更高在肾脏，输尿管结石在下方。肾结石主要位于肾盏肾盂的部位，可以很大，甚至形成鹿角形结石，如石头单体可能有10cm长，甚至把整个肾盂肾盏全部充满，形象地称为鹿角形结石。
而输尿管结石不会特别大，最大也不过是2-3cm，因为输尿管直径有一定限制。特别大的结石通常卡在第一个狭窄，也就是肾盂和输尿管的连接部位。
治疗上，肾结石一般看大小，太小的可以保守治疗，和输尿管结石差不多。差别最大的主要在于肾脏比较大的结石，推荐做经皮肾镜进行治疗，要从后腰打眼，把结石击碎、取出。而输尿管结石如果比较小，只做体外的震波碎石或者输尿管镜手术进行取石。
