目前没有用于治疗黏液腺囊肿的药物，因为黏液腺囊肿本身并不是细菌感染导致的炎症，所以用抗生素之类的药物也没有效果。黏液囊肿是小黏液腺，大多数情况下是因为外伤，比如不小心被咬，把小腺体硌破了。分泌的唾液本来应该经过导管，从口腔黏膜分配到口腔内。因为在黏膜下破损，黏液直接流到了组织间隙内，形成了一个假性囊肿。
黏液腺导管堵塞，黏液腺分泌不出来，黏液滞留在里面也会形成囊肿，这是真性囊肿，但是大部分为外伤、破溃造成的假性囊肿。囊肿简单挑破让黏液排出来即可，但是往往过一段时间还会复发，所以比较彻底、有效的方式是做小手术把小黏液腺摘除，甚至把周围离得较近、以后也有可能肿大成黏液囊肿的小腺体一并摘除，减少复发率，效果会更好。
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