肺部核磁共振检查对肺血管性疾病、纵隔疾病，效果通常较好，例如肺动脉肉瘤、纵隔疾病可以通过核磁共振检查出来。而对于肺内病变，因为肺含气量较多，用核磁共振检查不是较好的检查方法。通常是因为孕妇为了避免X线对胎儿损害，有时才会选择核磁共振检查。
但是多数肺部病变，例如肺炎、肺部肿瘤，通常选用CT检查。肺动脉的病变，包括纵隔肿瘤，可以通过核磁共振检查发现，例如纵隔肿瘤、胸腺瘤、畸胎瘤、淋巴瘤等，可以通过核磁共振发现。通常情况下，孕妇、年龄较小的小孩，为减少射线的摄取，以及X线对身体的伤害，才采用核磁共振检查。
